很多除草剂由于对植物细胞化学和生理学发生影响，使作物及杂草的习性产生异常，由于所用除草剂的种类以及作物对除草剂的敏感性不同，所引起的形态反应也不同，其中传导性除草剂比触杀性除草剂的反应更为强烈。除草剂引起植物组织细胞的变异，包括生长抑制、偏上性、形成效应、叶片褪绿、白化、枯斑等情况。生长素型的除草剂首先影响分生组织，它包括茎顶端、根顶端及节与叶茎部的居间分生组织，进而导致一系列细胞学变化，如节间分生组织细胞的反常分裂可造成茎的弯曲而使植株呈匍匐状。
　　
　　(1)生长抑制
　　
　　主要是由于除草剂对细胞分裂和细胞扩大的干扰所引起的生长抑制作用。生长抑制包括地上部和根系的抑制，对地上部的抑制表现株高生长的缓慢或停顿，对根系的抑制往往是难觉察而且是严重的。
　　
　　(2)偏上性
　　
　　茎和叶的弯曲、扭曲、卷曲的偏上性(向下弯曲就是偏上性，向上弯曲即称偏下性)是激素型除草剂引起的一般症状，这些除草剂包括苯氧羧酸类，如2，4-滴等。
　　
　　(3)形成效应
　　
　　如增加分蘖，在节上形成过多的芽、缩短节间距、叶片加厚、胚芽鞘和叶片扭曲，减少次生根的形成，产生畸形幼苗等。
　　
　　(4)缺绿后枯斑
　　
　　这是光合作用抑制剂所产生的反映，除草剂通过抑制光合作用中的希尔反应，或干扰蛋白质的合成抑制核酸代谢等方面来使光合作用停顿，造成所谓“生理饥饿”的缺绿，甚至枯斑死亡。
　　
　　(5)花和花序的异常
　　
　　除草剂对有性繁殖器官的影响表现在花的某些部分的减少或加倍，某些部位组织由于细胞和原基过分横向生长而发生并合现象，其他花器如雄蕊形成的变化，尤其是花药能停留在任何一个发育阶段上。在禾本科穗分化初期，小穗发育和早期发育期间用激素型除草剂处理时，会产生穗轴弯曲、重叠畸形穗；当除草剂对花序发生作用时，将引起严重的伤害，可能形成没有花粉或花粉不能成熟，以致不能结实。