虽为苗木大省，地位稳固，但不可否认的是，广东苗木业若想继续取得突破性发展，依然面临着诸多因素的挑战及制约。而这些问题放大到全国，也是整个苗木行业所面临的共同发展瓶颈。
　　困局1
　　研发乏力 处于产业链最尾端
　　《南方都市报》报道，与电子等很多行业类似，目前在苗木产业中，属于中国自有知识产权的品种很少。“知识产权保护的门槛不仅对广东，对全国的苗木产业来说，都是制约其出口贸易发展的最大的瓶颈。”广州市苗木办上述负责人说。
　　据介绍，由于跟发达国家研发育种实力差距较大，每年全球上百个新苗木品种中，几乎没有中国的份。如果中国也生产并出口这些别国拥有知识产权保护的品种，就会遭到别国的罚款制裁。但如果等专利期过了之后再生产，市场热度也已过。因为只能卖一些普通品种，或给荷兰等国做代工，所以中国苗木业只能在国际苗木产业链条中赚取低价值的部分。
　　为什么中国的苗木研发落后于人？广州苗木研究中心陈主任解释，培育一个新品种需要长期积累，需要父本母本的收集、杂交，平均耗时6-7年，有的长达十几年，而且研发出来也不一定热卖，要冒风险。“研发和市场容易脱节，这也是制约国内苗木业发展的因素之一。
　　困局2
　　交易拍卖模式 水土不服
　　半途搁浅的广州苗木交易（拍卖）中心是广州苗木产业发展道路上的一
　　”如果你要让我说拍卖市场的问题，我能给你讲一天“，对于这种模仿荷兰的交易模式在广州的失败，王建新有点无奈地表示，”这里面的确有不少问题，包括没有做到标准化生产、政府对企业的资金和政策优惠的前期投入不足、对改变农民传统交易方式的教育投入不够、市场接受度有限等等。比如云南的交易拍卖中心，政府前期投入了3000万元，亏损4年后现在才持平。
　　不过，王建新并不准备让拍卖中心搁置很久。”我们联合15家国内大生产企业（其中广东本土有3家），刚刚注册成立合力苗木股份有限公司，想通过大企业的示范作用，带动拍卖、网上交易和产品订货，并且试着把研发、生产和销售整合起来，降低集体采购成本。我们还有意从韩国、日本或台湾聘请一位总经理，引进先进的理念。
　　困局3
　　散户多 抗风险能力差
　　受宏观经济和通胀的影响，一方面肥料、农药、人工等成本都在上涨；但另一方面终端苗木的价格却没有随之上浮，两头挤压下利润变薄，花农的日子越来越难过，有些已经停产。
　　”主要是因为苗木并非生活必需品，如果涨价了，别人就未必会买了。“广州苗木博览园有限公司业务经理陈峰解释，”由于进入门槛较低，国内大多数苗木企业是中小型企业，比较散乱，抗风险能力也较差。“”有条件的企业也可以通过技术改造来降低成本的压力，但是达不到标准的就会亏损。“王建新表示。