药用鱼腥草夏、秋两季采收，将全草连根拔起，洗净晒干即可。食用鱼腥草从早春栽培到冬季地上部分枯死，生长期为260天左右。四季均可收获。早种早收，迟种迟收。以食用地上茎叶为主的地区在6月以后可陆续采收上市；以食用地下茎为主的地区，在9月至翌年3月可陆续采收上市。采收时先用刀割去地上茎叶，再用宽锄深挖之。亦可犁翻耕，随翻随捡取根茎，抖去泥土，在水中搓洗去掉须根即可上市。产量依栽培管理水平而异，较高产量可达每亩1500～2500公斤（鲜品），较低产量每亩可达1000～1500公斤。一般每5公斤鲜品可得干品1公斤。
　　干燥后的鱼腥草，捆扎成把，外加蒲席封固，或压成机压包；鱼腥草软片可用麻袋或塑料编织袋装，置阴凉、通风、干燥处储藏，以防霉变。