此次规划的研究和制定，首次引入战略咨询机制和公众参与机制，突出体现了决策的科学化和民主化。
　　国家中长期科技规划办公室战略研究组组长、科技部秘书长石定寰在接受记者采访时，特别介绍了此次规划的工作机制：采取“集思广益、科学决策”的工作原则和“先整体、后局部”的工作程序。在规划制定和战略研究过程中，充分发挥科技、经济、企业、管理、社会等各方面专家的作用，尤其是发挥一线优秀专家的作用，建立规划网站和战略专家库，以广泛组织社会各界专家参与规划的战略研究、制定和咨询工作，并建立了相应的工作机制。
　　一是沟通协调机制。建立战略研究工作组和联络员制度，规划领导小组各成员单位确定一名联络员，以加强与各有关部门以及与专题研究组之间的协调和联系，及时沟通和交流战略研究进展，编写《战略研究动态》，及时发布信息。
　　二是战略咨询机制。在战略研究开展的过程中，将不定期地举办若干次论坛和各种类型的研讨会、座谈会，就战略研究中的重大问题开展深入广泛的讨论与争鸣，听取科技、经济、社会等不同方面专家的意见，以形成共识。同时，建立“三院”咨询制度。战略研究报告初步形成后，将利用一个半月的时间，提交中科院、社科院、工程院，提出咨询意见，发挥“三院”在重大决策咨询中的作用。建立战略研究咨询专家库，并将邀请国外知名专家对重大战略问题进行咨询。
　　三是公众参与机制。建立“国家中长期科学和技术发展规划”网站，利用互联网及时向社会公布规划工作进展，开辟网上专题论坛。该网站已于5月12日开通。仅仅一个多月时间，上网点击人数已经超过3万。此外还将在报刊上开设讨论专栏，以广泛吸纳社会各界对新时期国家中长期科技规划的意见和建议。
　　“战略咨询机制和公众参与机制是这次规划工作中首次建立的。这与以往的几次规划工作有很大的不同。”石定寰对于这一点做了特别的介绍。他说：“战略咨询机制的建立不仅调动了政府官方资源，也可以充分发挥了社会力量和民间机构的作用；公众参与机制的建立基于全民对科技的关注，每个人都可以根据自己的立场对规划工作发表意见。”